「갑오군정실기」는 1894년 동학농민군 토벌을 위해 설치된 양호도순무영(兩湖都巡撫營)의 관련 공문서를 모아 작성한 필사본으로서, 그동안 알려지지 않은 동학농민군 참여자 및 활동 내용이 새롭게 확인되는 등 학술자료로서의 가치를 인정받은 사료이다. 1895년 초에 작성된 것으로 추정되며 10책으로 구성되어 있다. 1~9책에는 1894년(갑오년) 9월 22일에서 12월 28일까지 날짜별로 정리된 의정부 및 순무영 공문, 지방관의 첩보 등이, 10책에는 영에 머문 병사, 출진한 병사 및 공적에 대한 기록 등이 수록되어 있다.