동축사는 『삼국유사』「황룡사장육(皇龍寺 丈六)」조에 의하면, 573년(진흥왕 34) 처음 건립되었다고 전해지는 절이다. 그 후 934년(경순왕 8년), 고려 정종(靖宗)대, 1457년(세조 3), 1931년, 1975, 2005년에 고쳐 지어 오늘에 이르고 있다.

이 동축사 삼층석탑은 신라의 전형적인 석탑이다. 화강암으로 된 기단은 면석(面石)이 모두 없어져 원래의 정확한 높이를 알 수 없다. 탑신부는 탑신(塔身)과 옥개석(屋蓋石)이 모두 한 개의 돌로 되어 있다. 탑신의 사방에는 우주를 모각하고, 탑신부의 옥개 받침은 1·2층은 5단이나 3층은 3단으로 조각되었다. 상륜부(相輪部)는 노반(露盤)과 보개(寶蓋)만 얹혀 있는데, 돌의 재질이 탑신부와 다른 사암 계통이어서 이 석탑을 여러 차례에 걸쳐 고쳤음을 알 수 있다. 2005년 현 위치로 옮겨졌으며, 기단부 일부는 부재를 첨가하여 복원하였다.