ㅇ 목넘이를 지나 거문도등대로 이어지는 탐방로에는 동백나무숲이 울창하여 개화시기에는 아름다운 경관을 연출하고, 그 사이로 기암괴석이 이룬 해안 풍경과 낙조 경관, 등대와 관백정에서 일출과 백도를 감상할 수 있는 해양 조망 등 경관적 가치가 뛰어남.

ㅇ 다도해 해상국립공원으로 잘 보존되어 있는 여수 거문도 수월산 일원은 동백나무, 돈나무, 광나무, 다정큼나무 등 다양한 남부 해안 식생과 동박새, 흑비둘기 등 조류가 서식하고 있어 생태학적 가치가 높음.

ㅇ 청정해역 남해 어장 중심지에 위치하여 예로부터 남해 방어체계의 중심지이자 전략적 요충지로, 거문도 사건과 남해안 최초로 세워진 등대 건립 등 항로 개척사와 근대 해양사 및 국제 정치사의 역사적 흔적을 지닌 장소로 국내외 여러 문헌 기록과 지명 유래 등이 전해지는 등 지역성과 연결된 역사적·학술적 가치가 우수함.