강진 군자서원 소장 고문서는 군자서원의 건립과 운영, 양산김씨(梁山金氏) 문중의 족계(族契)와 종계(宗契) 등을 살필 수 있는 귀중한 자료이다.

주요 문서로는 1646년(인조 24)에 심기원(沈器遠)의 역모를 방지한 공으로 인조가 김신광(金伸光, 1600~1666)을 영국원종일등공신(寧國原從一等功臣)에 책봉하면서 하사한 영국원종공신녹권 1책이 있으며, 그 후손들의 사령장 및 호적 기록 등이 비교적 양호한 상태로 남아 있다.

무엇보다 종계 집강안(執綱案), 양산김씨문안(梁山金氏文案), 족계좌목(族契座目) 등의 문서는 양산김씨 문중을 운영하면서 작성된 기록들로 조선 후기 문중사 연구에 기여할 것으로 보인다. 또한 문중 사우인 행정사(杏亭祠)의 운영을 살필 수 있는 행정사 집강안, 행정사 위사안(位士案), 행정사 출의안(出義案), 홀기(笏記) 등이 남아 있어 문중 사우의 역사를 살필 수 있다.

강진 군자서원은 유항재(有恒齋) 김양(金亮: 1569~), 절효(節孝) 김호광(金好光: 1600~1624), 행정(杏亭) 김신광(金伸光: 1608~1666)을 모시는 양산김씨 문중 사우로 1820년(순조 20)에 건립되었으며, 2009년에 행정사(杏亭祠)에서 군자서원으로 명칭을 변경하여 현재까지 이르고 있다.

강진 군자서원 고문서 50점은 조선 후기 지방 제도사와 향촌 사회ㆍ경제사 연구의 중요 자료로 학술적 가치가 크다.