이 터는 신라 문무왕 8년(668)에 명덕(明德) 스님이 세웠다고 하는 남고연국사(南固燕國寺)가 있던 자리이다. ｢연국(燕國)｣은 나라를 편안하게 한다는 뜻으로, 산성 지역에 자리잡은 절에 많이 사용되던 명칭이다. 조선 후기부터는 남고사로 불리었는데, 이 절의 승려들이 ｢남고산성｣을 지키는데 한 몫을 담당했다. 옛 남고사 터는 현재의 남고사 대웅전 서쪽 전방의 건물이 있는 곳이다. 현재 남고사 건물은 약 100여 년 전에 건립된 것으로 추정되며, 1979년에 대웅전 등을 다시 지어 지금의 절 모습을 갖추었다.