제주 산굼부리 분화구는 한라산의 기생화산 분화구로 다른 분화구와 달리 낮은 평지에 커다란 분화구가 만들어져 있으며, 진기한 모양을 하고 있다.

분화구의 바깥둘레는 2,067m이며, 안쪽둘레는 756m, 분화구 깊이는 100∼146m의 원뿔형 절벽을 이루고 있으며, 바닥넓이는 약 8,000평이나 된다. 분화구는 용암을 거의 분출하지 않고 폭발에 의하여 구멍만 깊숙이 패였으며, 폭발로 인한 물질은 사방으로 흩어지고 적은 양만 주위에 쌓여 있다. 분화구의 지름과 깊이가 백록담보다 더 크지만 물은 고이지 않고 화구벽의 현무암 자갈층을 통해 바다로 흘러나간다. 이러한 화구를 마르(maar)라고 하는데 우리나라에서는 산굼부리 분화구가 유일하며, 세계적으로도 일본과 독일에 몇 개 있을 뿐이다.

분화구 안에서 자라는 식물들은 같은 제주도의 한라산에 있는 식물들과도 격리된 상태에서 오랫동안 살아 왔으므로 식물 분포연구에 귀중한 자료가 되고 있다.