제주흑돼지는 삼국지위지동이전(285년), 탐라지(1651~1653년), 성호사설(1681~1763년), 해동역사(1823년) 등 옛 문헌에 제주도에서 길렀다는 기록이 전해지고 있어 역사적․학술적 가치가 높고 제주도의 생활, 민속, 의식주, 신앙 등 문화와 밀접한 관련을 가지고 있어 문화적․향토적 가치가 뛰어나 천연기념물로 지정하여 관리하고 있다.

제주흑돼지는 제주도 특유의 기후와 풍토에 잘 적응하여 체질이 강건하고 질병저항성이 강한 특성을 지니고 있으며 육지와는 다른 형질을 가지고 있어 차별성이 있다.

1986년부터 제주축산진흥원에서 제주도 내 재래돼지 5두를 구입하여 순수계통번식사업을 시작하여 제주흑돼지 복원사업을 통해 현재 206여 마리를 보존관리하고 있으며, 국가 유전자원 확보 차원에서도 절종위기에 처한 제주흑돼지를 천연기념물로 지정하여 보존하고 있다.