공주 동학사 목조석가여래삼불좌상 및 복장유물은 복장에서 발견된 조성발원문을 통해 1606년이라는 정확한 조성시기와 제작자, 그리고 제작에 참여한 제작주체를 분명히 알 수 있어 조선 중·후기 불교조각사 연구에 기준이 되는 자료이다.

이 불상을 조각한 석준(釋俊), 각민(覺敏) 등은 16세기 후반에서 17세기 전반에 걸쳐 활동한 조각승으로 추정되는데, 1600년을 전후한 시기의 화승들의 활동과 교류사 연구에도 매우 중요한 불상으로 평가된다. 특히 이 석가여래삼불좌상은 16세기 조각전통을 계승하면서 17세기 새롭게 대두된 대중적인 미의식도 반영하고 있고, 석준이나 각민의 문하에서 수학한 조각승들이 17세기 불교 조각계를 주도하고 있는 만큼 여러모로 조선 중·후기 불교조각사에 있어서 대단히 중요한 위치를 차지한다고 할 수 있다.

또한 도상은 임진왜란 이후 비로자나삼불상과 함께 크게 유행한 석가여래삼불 형식을 정확히 보여주며, 발원문에 정확한 존상명칭을 기록하고 있어 이후 전개될 석가여래삼불상 도상연구에도 기준이 된다.