종학당은 동토 윤순거(1596~1668년) 선생이 종중과 문중의 자녀들을 교육하기 위해 1625년(인조 3) 종학을 창설한 데서 시작되었다. 이후 1628년(인조 6)에는 7칸 전후퇴의 백록당(상급교육과정)과 7칸 2층 누각인 정수루를 건립하고 '오가백록'으로 현액하면서 구체적인 종학당의 면모를 갖추게 되었다. 이후 1645년(인조 23)에는 윤순거와 윤원거가 함께 종약(宗約)을 창제하였다. 원래 건물은 유봉에 있었으나, 분암으로 옮겨졌고, 현재 종학당 건물은 윤선거의 5대손인 윤정규가 새로 건립한 건물이다. 그 후 몇 차례 보수를 거치면서 명맥을 유지하다가 1999년 대대적으로 원형 복원하여 지금에 이르고 있다.