내원암은 동북쪽 구릉을 대지로 조성한 후 동남향으로 배치되어 있으며 정면 7칸, 측면 5.5칸의 丁자형 건물로 一자형 평면에 서쪽 전면으로는 2칸*2칸 규모의 누마루를 달아내고 후면으로 1칸*2칸의 방을 덧붙였으며 중앙의 3칸을 주불전으로 사용하고 있다.

기단은 막돌을 거칠게 다듬어 만들었고, 기둥을 받치고 있는 초석 은 덤벙주초임. 기둥은 건물의 규모에 비하여 상당히 큰 편이고, 높이는 건물의 규모에 비하여 낮음. 1출목의 익공식 양식으로, 출목거리가 매우 짧은 것이 매우 독특하며, 귀부분의 한대와 출목이 결합된 형태 또한 독특한 양식이다.

내원암은 형식과 양식이 다른 건물에서 흔히 볼 수 없는 독특한 형태의 포집으로, 초석의 형상과 자연목의 원형기둥․공포의 구성․주 불전 상부 격자 천정의 연화문 흔적 등 조선후기에 건축된 건물로 원 형을 잘 보존하고 있다.