신항서원은 본래 유정서원有定書院이라는 이름으로 1570년(선조 3)에 경연慶延·박훈朴薰·김정金淨·송인수宋麟壽 등 청주지역 유학자 4인의 학문과 덕행을 추모하기 위해 창건한 것인데, 후에 한충韓忠·송상현宋象賢·이색李穡·이이李珥·이득윤李得胤 등 5인을 추가하여 모두 9인의 유학자를 배향配向하였다. 임진왜란 때 병화兵禍로 훼손되었으나 복원하였고, 1660년(현종 1)에 ‘신항서원莘巷書院’이라는 사액賜額을 받아 지금의 이름으로 개칭되었다. 1871년(고종 8)에 서원철폐령으로 철거되었던 것을 광복 후 지방 유림의 발기로 복원하였으나 시설이 미약하고 퇴락하여, 1985년에 청주 유림들의 협력을 받아 다시 중건하였다.

신항서원 묘정비는 신항서원의 창건 내력과 사액을 받은 경위, 그리고 배향 인물의 인적사항 및 위차位次[신위를 놓는 순서]시비 등에 대해 기록하였다. 끝 부분에 “崇禎乙丑五月日立숭정을축오월일입”라고 하여 비석의 건립 연대가 1685년(숙종 11)임을 밝히고 있다. 비문은 송시열宋時烈이 짓고, 서원현감西原縣監 조형기趙亨期가 썼으며, 영의정 김수항金壽恒이 두전頭篆[비석 몸체의 머리 부분에 돌려가며 쓴 글씨]을 썼다. 신항서원 묘정비는 서원의 강당인 계개당繼開堂 앞에 있다