산호동굴은 총 길이가 약 1.7㎞에 이르는 대형동굴로 동굴생성물 중 하나인 동굴산호가 동굴 내부에 두루 성장하고 있으며, 다른 동굴에서는 관찰할 수 없는 대형 동굴산호가 잘 발달해 있다. 동굴산호 이외에도 종유석, 석순, 휴석, 유석, 곡석 등 다양한 동굴생성물이 성장해 있으며, 특히 대형석화가 동굴산호로 전이되는 매우 특이한 동굴생성물이 성장하고 있어 학술적, 자연유산적 가치가 매우 높다.

현재 산호동굴은 동굴생성물 등의 보호를 위해 공개제한지역으로 지정되어 있어 관리 및 학술 목적 등으로 출입하고자 할 때에는 국가유산청장의 허가를 받아 출입할 수 있다.