「법집별행록절요병입사기」는 1209년에 보조국사(普照國師) 지눌(知訥)이 당나라 종밀(宗密, 780~841)이 엮은 「법집행별록」에서 복잡한 내용을 줄이고 자신의 견해를 덧붙여 편집한 책이다. 현재 종밀의 책은 전하지 않기 때문에 이 책을 통해서만 그 원전의 내용을 알 수 있으므로 더욱 가치가 크다. 심원사 소장 법집별행록절요병입사기는 임진왜란 이전 선조 21년(1588) 운문사에서 간행되어 간행 시기와 간행 장소가 분명하고, 일부 보수된 흔적이 있지만 이미 지정된 동일 판본들보다 보존상태가 양호한 편이다. 또한 자료 전반에 걸쳐 열람자들의 견해가 첨부되어 있어 조선 중기 불교계의 사상적 동향을 이해할 수 있는 자료로 평가받고 있다.