농운정사는 조선의 학문세계나 정치활동에서 큰 활동을 한 영남 선비들이 젊은 시절 퇴계의 가르침을 직접 받으며 공부하던 산실이며, 그 원형이 잘 남아있는 유적임. 건축형태에서 농운정사는 도토마리 집의 원형을 살려 지은 교육시설의 뛰어난 사례로 꼽히며, 그 평면은 가운데 몸채를 두고 전면과 후면 양 끝에 마루방과 헛간을 갖춘 ‘工’자 형태를 이룸. 농운정사의 도토마리 양식은 도산서당 건립을 맡았던 승려장인 법연의 구상에 근거한 것이며, 그의 제자 정일에 의해 완성됨.