『법집별행록절요병입사기』는 1209년(고려 희종 5)에 지눌(知訥)이 당(唐) 종밀(宗密)의 『법집별행록(法集別行錄)』에서 요점만을 초록한 『법집별행록절요(法集別行錄節要)』에 자신의 사견인 ｢사기(私記)｣를 붙여 『법집별행록절요병입사기』라 이름을 붙인 불교 저술로 ‘절요’라 약칭하기도 한다. 지정 대상 ‘법집별행록절요병입사기 목판’은 1588년(선조 21) 운문사에서 석헌(釋軒) 선사의 주도 아래 수많은 이들의 시주를 바탕으로 도림(道林)의 정서(淨書), 지희(智熙)의 연판(鍊板), 의련(儀璉)･인헌(印軒) 등의 판각으로 조성되었는데, 조성 이래 현재까지 운문사에 전하고 있다.

목판은 전･후면 양면에 양각으로 새겼으며, 가로로 긴 장방형의 형태이다. 좌･우 마구리는 측면으로 장부가 보이지 않게 나무못과 쇠못으로 결구하였으며, 마구리 측면에는 ‘사일이(私一二)’와 같이 판종의 약칭과 장차를 음각하였다. 판심제(板心題)는 ‘사기(私記)’이며 그 아래에 장차를 양각하였고 하어미에는 ‘인(印)’, ‘원(元)’ 등 각수명으로 추정되는 한자가 새겨져 있다. 마지막 75장에 새겨진 ‘만력십육년무자칠월일경상도청도지호거산운문사개판(萬曆十六年戊子七月日慶尙道淸道地虎踞山雲門寺開板)’이라는 기록을 통해 제작 시기 및 제작처를 확인할 수 있다. 목판의 보존 상태는 대체로 양호한 편이다.

현재까지 『법집별행록절요병입사기』의 판본은 다양하게 전해지고 있는데 운문사 소장 ‘법집별행록절요병입사기 목판’은 전하는 목판 중 가장 시기가 앞설 뿐만 아니라 완질판의 목판이라는 점에서 자료적 가치가 크다. 또한 이 목판으로 인출한 판본의 책도 함께 전하는 원천 자료라는 점에서 매우 중요하다고 평가되므로, 보물로 지정하여 연구하고 보존･관리할 만한 가치가 충분하다.