「나전산수무늬삼층장」은 배재학당을 세운 미국인 선교사 아펜젤러(Henry Gerhard Appenzeller, 1858～1902) 집안에서 대를 이어 보관하다 외증손녀 다이앤 크롬(Diane Dodge Crom, 1957～ ) 여사가 문화유산적 가치와 아펜젤러의 헌신을 널리 알리고자 2022년 배재학당역사박물관에 기증한 것이며, 고종황제가 아펜젤러에게 하사했다고 전한다. 정면 전체 및 양 측면에 산수문(山水文)과 산수인물문(山水人物文)을 위주로 문자(文字), 화훼, 과실, 귀갑문(龜甲文) 등 다양한 무늬를 빈틈없이 나전으로 시문하고 6개의 문짝 내면은 화려한 채색화훼도로 장식한 대형 장으로서 19세기말 궁중 및 상류층에서 사용했던 고급 3층장의 특징을 확인할 수 있다. 천판(天板)의 돌출부를 매우 짧게 하고 장의 앞면 전체를 요철 없이 평면적으로 가공하는 통영 지역만의 독특한 제작 방식과 끊음질과 주름질 등 전통 나전기술을 종합적으로 확인할 수 있어 전통가구 연구 자료로서 학술적 가치가 매우 높다.

19세기말 대한제국 황실과 서양 선교사들의 관계를 보여주는 자료로서 역사적 가치가 크며, 유사한 크기와 제작 양식을 갖춘 3층장이 국내외를 통틀어 매우 희소하고 원형이 잘 보존되어 있다는 점에서 문화유산적 가치가 크다.