대웅보전은 용주사의 주불전으로 여러 번의 중수가 있었지만 외부 단청을 제외하고 초창 때의 모습을 잘 간직하고 있다. 정면 3칸, 측면 3칸의 다포계 팔작지붕의 건물로 18세기 불전건축의 특징을 잘 보여주고 있다. 장대석 기단과 원형주좌를 둔 방형초석, 지붕의 취두와 용두, 양성바름 등은 능침사찰로서 건물의 격을 보여준다. 공포의 구법과 초각수법은 초창시의 시대적 특성을 갖추고 있고, 불단과 닫집의 문양과 조각, 안초공과 귀한대 · 충량의 용조각, 단청 등도 건물과 조화를 이루며 불전을 장엄하고 있다. 대웅보전 건축의 도편수는 문언(文彦, 장흥 천관사 승려)이고, 단청 도편수는 민관(敏寬)으로 당대 최고의 승장들이 건축하였다.