보문사 대웅전은 정면 3칸, 측면 2칸의 팔작지붕의 건물이다. 중건과 관련한 상량문이 남아 있어 건물의 내력과 중수 시기를 확인할 수 있는데 1692년(숙종 18) 중건한 이후 1747년(영조 23), 1824년(순조 24), 1865년(고종 2)에 중수하였던 것으로 보인다. 1865년 중수할 때는 고종과 명성황후, 헌종의 어머니인 신정왕후 등이 참여하여 당시 보문사가 왕실과 관계된 사찰이었음을 확인할 수 있다. 대웅전은 원래 극락보전이었지만 일제강점기 해강 김규진(海岡 金圭鎭, 1868~1933)이 대웅전이라는 현판을 쓰면서 현재와 같이 대웅전이라 부르기 시작한 것으로 추정하고 있다. 익공 양식과 민흘림 기둥, 평방을 생략한 다포 구성, 후면의 주간포의 생략 등은 부재의 생략을 통한 자원의 효율성 추구와 장식 요소의 극대화라는 조선 후기 사찰 건축의 특징을 잘 보여주며 상량문 등 중수 기록을 확인할 수 있어 역사적, 건축사적 측면에서 중요한 가치를 지니고 있다.