‘경주 마석산 삼층석탑’은 기단부와 탑신부의 부재 수를 최소화한 간결한 결구, 완만한 체감과 상승감 있는 비례는 통일신라 석탑 양식을 계승하면서도 고려시대로 이행하는 변화를 잘 반영함. 또한 단층기단을 사방 엇물림 방식으로 축조한 점은 경주 남산 석탑 계열의 전통을 계승한 사례로 평가되며, 사찰 유구와 직접 연관되지 않은 산지 입지는 남산 석탑 특유의 자유로운 배치 전통과도 부합함. 특히, 통일신라 주류 석탑과 달리 단층기단 석탑이라는 특수한 형식과 9세기 정형기 석탑의 조형적 특징을 잘 보여주는 중요한 유산임